plugins/base2/uk.ac.ebi.tab2mage/trunk/Tab2MageImporter/tab2mage- genepix.txt

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
379 08 Aug 07 dominic 1 Experiment section  
379 08 Aug 07 dominic 2 domain  ebi.ac.uk
379 08 Aug 07 dominic 3 accession  E-TOXM-XX
379 08 Aug 07 dominic 4 quality_control  "biological replicate (replicated hybridizations, marker redundancy on arrays) + positive/negative control (array quality)"
379 08 Aug 07 dominic 5 experiment_design_type  compound_based_treatment
406 22 Aug 07 dominic 6 name  Gene expression profiling in cell cultures following exposure to various chemical compounds
406 22 Aug 07 dominic 7 description  "2 cell lines, 2 concentrations and 2 exposure times, 2 replicates on custom arrays"
379 08 Aug 07 dominic 8 release_date  15/05/2007
379 08 Aug 07 dominic 9 submission_date  30/05/2007
406 22 Aug 07 dominic 10 submitter  john smith
406 22 Aug 07 dominic 11 organization  FETX
379 08 Aug 07 dominic 12 publication title  High throughput toxicogenomics
406 22 Aug 07 dominic 13 authors  "john smith"
379 08 Aug 07 dominic 14 journal  journal of toxicology
379 08 Aug 07 dominic 15 volume  1
379 08 Aug 07 dominic 16 issue  1
450 30 Oct 07 dominic 17 pages  112-122
450 30 Oct 07 dominic 18 year  2005
379 08 Aug 07 dominic 19
450 30 Oct 07 dominic 20 Protocol section
451 30 Oct 07 dominic 21 accession  text  type  name  parameters
451 30 Oct 07 dominic 22 P-TOXM-1  "All chemicals tested were supplied by XXX"  grow  Contaminant doses and mixture preparation  medium;CO2;antibiotics
450 30 Oct 07 dominic 23 P-TOXM-2  "RNA was isolated using a FastPrep instrument (Q-Biogene, Irvine USA) and Rneasy reagents (Qiagen)"  extraction  RNA isolation and clean-up
450 30 Oct 07 dominic 24 P-TOXM-3  text  labeling  cDNA synthesis and labeling
450 30 Oct 07 dominic 25 P-TOXM-4  text  hybridization  Hybridization  temperature(degree_C) ; duration(hr)
450 30 Oct 07 dominic 26 P-TOXM-5  text  scanning  Scanning and Image analysis
379 08 Aug 07 dominic 27
450 30 Oct 07 dominic 28 Hybridization section
379 08 Aug 07 dominic 29 File[raw]  Array[accession]  FactorValue[treatment]  FactorValue[compound]  FactorValue[dose]  FactorValue[exposure (hr)]  BioSource  BioMaterialCharacteristics[Organism]  BioMaterialCharacteristics[OrganismPart]  BioMaterialCharacteristics[Cell type]  BioMaterialCharacteristics[StrainOrLine]    Protocol[grow]  Parameter[medium]  Parameter[CO2]  Parameter[antibiotics]  Extract  Protocol[Extraction]  LabeledExtract  Protocol[Labeling]  Dye  Hybridization  Protocol[hybridization]  Parameter[temperature(degree_C)]  Parameter[duration(hr)]  Scan  Protocol[scanning]  Sample
406 22 Aug 07 dominic 30 file1.gpr  A-MEXP-XXXX    Propyl-paraben  IC50  24  bs1  Homo sapiens  Liver  hepatocyte  HepG2    P-TOXM-1  DMEM  5%  penicillin  e1  P-TOXM-2  l1  P-TOXM-3  Cy5  h1  P-TOXM-4  40  40  scan1  P-TOXM-5  s1
406 22 Aug 07 dominic 31 file1.gpr  A-MEXP-XXXX    vehicle  none  24  bs2  Homo sapiens  Liver  hepatocyte  HepG2    P-TOXM-1  DMEM  5%  penicillin  e2  P-TOXM-2  l2  P-TOXM-3  Cy3  h1  P-TOXM-4  40  40  scan1  P-TOXM-5  s2
406 22 Aug 07 dominic 32 file2.gpr  A-MEXP-XXXX    Propyl-paraben  IC50/10  24  bs3  Homo sapiens  Liver  hepatocyte  HepG2    P-TOXM-1  DMEM  5%  penicillin  e3  P-TOXM-2  l3  P-TOXM-3  Cy5  h2  P-TOXM-4  40  40  scan2  P-TOXM-5  s3
406 22 Aug 07 dominic 33 file2.gpr  A-MEXP-XXXX    vehicle  none  24  bs4  Homo sapiens  Liver  hepatocyte  HepG2    P-TOXM-1  DMEM  5%  penicillin  e4  P-TOXM-2  l4  P-TOXM-3  Cy3  h2  P-TOXM-4  40  40  scan2  P-TOXM-5  s4
406 22 Aug 07 dominic 34 file3.gpr  A-MEXP-XXXX    Propyl-paraben  IC50  48  bs5  Homo sapiens  Liver  hepatocyte  HepG2    P-TOXM-1  DMEM  5%  penicillin  e5  P-TOXM-2  l5  P-TOXM-3  Cy5  h3  P-TOXM-4  40  40  scan3  P-TOXM-5  s5
406 22 Aug 07 dominic 35 file3.gpr  A-MEXP-XXXX    vehicle  none  48  bs6  Homo sapiens  Liver  hepatocyte  HepG2    P-TOXM-1  DMEM  5%  penicillin  e6  P-TOXM-2  l6  P-TOXM-3  Cy3  h3  P-TOXM-4  40  40  scan3  P-TOXM-5  s6
406 22 Aug 07 dominic 36 file4.gpr  A-MEXP-XXXX    Propyl-paraben  IC50/10  48  bs7  Homo sapiens  Liver  hepatocyte  HepG2    P-TOXM-1  DMEM  5%  penicillin  e7  P-TOXM-2  l7  P-TOXM-3  Cy5  h4  P-TOXM-4  40  40  scan4  P-TOXM-5  s7
406 22 Aug 07 dominic 37 file4.gpr  A-MEXP-XXXX    vehicle  none  48  bs8  Homo sapiens  Liver  hepatocyte  HepG2    P-TOXM-1  DMEM  5%  penicillin  e8  P-TOXM-2  l8  P-TOXM-3  Cy3  h4  P-TOXM-4  40  40  scan4  P-TOXM-5  s8
406 22 Aug 07 dominic 38 file5.gpr  A-MEXP-XXXX  Propyl-paraben ( IC50 for 24 hr ) exposed HepG2 cell culture supernatant  Propyl-paraben (IC50  IC50  24  bs9  Homo sapiens  Brain  Neuron  SH-SY5Y    P-TOXM-1  RPMI  5%  penicillin  e9  P-TOXM-2  l9  P-TOXM-3  Cy5  h5  P-TOXM-4  40  40  scan5  P-TOXM-5  s9
406 22 Aug 07 dominic 39 file5.gpr  A-MEXP-XXXX  vehicle exposed HepG2 cell culture supernatant  vehicle  none  24  bs10  Homo sapiens  Brain  Neuron  SH-SY5Y    P-TOXM-1  RPMI  5%  penicillin  e10  P-TOXM-2  l10  P-TOXM-3  Cy3  h5  P-TOXM-4  40  40  scan5  P-TOXM-5  s10
406 22 Aug 07 dominic 40 file6.gpr  A-MEXP-XXXX  Propyl-paraben ( IC50/10 for 24 hr ) exposed HepG2 cell culture supernatant  Propyl-paraben (CAS:94-13-3  IC50/10  24  bs11  Homo sapiens  Brain  Neuron  SH-SY5Y    P-TOXM-1  RPMI  5%  penicillin  e11  P-TOXM-2  l11  P-TOXM-3  Cy5  h6  P-TOXM-4  40  40  scan6  P-TOXM-5  s11
406 22 Aug 07 dominic 41 file6.gpr  A-MEXP-XXXX  vehicle exposed HepG2 cell culture supernatant  vehicle  none  24  bs12  Homo sapiens  Brain  Neuron  SH-SY5Y    P-TOXM-1  RPMI  5%  penicillin  e12  P-TOXM-2  l12  P-TOXM-3  Cy3  h6  P-TOXM-4  40  40  scan6  P-TOXM-5  s12
406 22 Aug 07 dominic 42 file7.gpr  A-MEXP-XXXX  Propyl-paraben ( IC50 for 48 hr ) exposed HepG2 cell culture supernatant  Propyl-paraben (CAS:94-13-3  IC50  48  bs13  Homo sapiens  Brain  Neuron  SH-SY5Y    P-TOXM-1  RPMI  5%  penicillin  e13  P-TOXM-2  l13  P-TOXM-3  Cy5  h7  P-TOXM-4  40  40  scan7  P-TOXM-5  s13
406 22 Aug 07 dominic 43 file7.gpr  A-MEXP-XXXX  vehicle exposed HepG2 cell culture supernatant  vehicle  none  48  bs14  Homo sapiens  Brain  Neuron  SH-SY5Y    P-TOXM-1  RPMI  5%  penicillin  e14  P-TOXM-2  l14  P-TOXM-3  Cy3  h7  P-TOXM-4  40  40  scan7  P-TOXM-5  s14
406 22 Aug 07 dominic 44 file8.gpr  A-MEXP-XXXX  Propyl-paraben ( IC50/10 for 48 hr ) exposed HepG2 cell culture supernatant  Propyl-paraben (CAS:94-13-3  IC50/10  48  bs15  Homo sapiens  Brain  Neuron  SH-SY5Y    P-TOXM-1  RPMI  5%  penicillin  e15  P-TOXM-2  l15  P-TOXM-3  Cy5  h8  P-TOXM-4  40  40  scan8  P-TOXM-5  s15
406 22 Aug 07 dominic 45 file8.gpr  A-MEXP-XXXX  vehicle exposed HepG2 cell culture supernatant  vehicle  none  48  bs16  Homo sapiens  Brain  Neuron  SH-SY5Y    P-TOXM-1  RPMI  5%  penicillin  e16  P-TOXM-2  l16  P-TOXM-3  Cy3  h8  P-TOXM-4  40  40  scan8  P-TOXM-5  s16
406 22 Aug 07 dominic 46 file9.gpr  A-MEXP-XXXX    Propyl-paraben  IC50  24  bs17  Homo sapiens  Liver  hepatocyte  HepG2    P-TOXM-1  DMEM  5%  penicillin  e17  P-TOXM-2  l17  P-TOXM-3  Cy5  h9  P-TOXM-4  40  40  scan9  P-TOXM-5  s17
406 22 Aug 07 dominic 47 file9.gpr  A-MEXP-XXXX    vehicle  none  24  bs18  Homo sapiens  Liver  hepatocyte  HepG2    P-TOXM-1  DMEM  5%  penicillin  e18  P-TOXM-2  l18  P-TOXM-3  Cy3  h9  P-TOXM-4  40  40  scan9  P-TOXM-5  s18
406 22 Aug 07 dominic 48 file10.gpr  A-MEXP-XXXX    Propyl-paraben  IC50/10  24  bs19  Homo sapiens  Liver  hepatocyte  HepG2    P-TOXM-1  DMEM  5%  penicillin  e19  P-TOXM-2  l19  P-TOXM-3  Cy5  h10  P-TOXM-4  40  40  scan10  P-TOXM-5  s19
406 22 Aug 07 dominic 49 file10.gpr  A-MEXP-XXXX    vehicle  none  24  bs20  Homo sapiens  Liver  hepatocyte  HepG2    P-TOXM-1  DMEM  5%  penicillin  e20  P-TOXM-2  l20  P-TOXM-3  Cy3  h10  P-TOXM-4  40  40  scan10  P-TOXM-5  s20

Generated on Tue Nov 21 03:45:11 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)